Uuring viidi läbi ajavahemikus jaanuarist juunini, kusjuures proove võeti kord nädalas. Proovid koguti Tallinna ja Rakvere reoveepuhastusjaamadest, mis teenindavad vastavalt pealinna ja selle lähiümbrust ning Rakvere linna ja lähipiirkondi.

Laboratoorsed analüüsid viidi läbi vastavalt rahvusvahelistele standarditele. Viiruste, sealhulgas SARS-CoV-2, tuvastamiseks kasutati PCR-meetodit, mis võimaldab avastada isegi väikeseid viiruskoguseid. 

Keemiliste ühendite, näiteks ravimijääkide ja narkootiliste ainete, kontsentratsiooni määramiseks kasutati kromatograafia- ja spektromeetriameetodeid. Kõik tulemused analüüsiti statistiliste meetoditega, et tagada nende usaldusväärsus ja võrreldavus.