Eestis toimus projekti „1+ Million Genomes“ virtuaalne visiit

19. ja 20. mail 2021 toimus projekti „1+ Million Genomes“ virtuaalne visiit Eestisse, mille eesmärk oli jagada Eesti kogemusi ja tutvustada personaalmeditsiini rakendamisega seotud projekte. Seekordses ülevaates kirjeldame projekti „1+ Million Genomes“ ning teeme kokkuvõtte Eesti visiidist, selle käigus peetud ettekannetest ja vestlusringi teemadest. Samuti toome näiteid küsimustest, mida kuulajad esitasid ja millised arutelud nendest tekkisid.

Projekt „1+ Million Genomes“ ja selle olulisus Euroopas

Selleks, et pakkuda igale inimesele sobivaimat ravi, on oluline teada, milline on geneetilise baasi, bioloogia ja keskkonna mõju ning ka nende koosmõju inimese tervisele. Genoomika ja DNA järjestamise tehnoloogiate ning andmeanalüüsi lahenduste, sealhulgas tehisintellektil põhinevate rakenduste kiire areng hoogustab ja toetab uudsete personaalmeditsiini lahenduste loomist ja kasutuselevõttu.

Personaalmeditsiini arendamise ühise eesmärgi seadsid Euroopa Vabakaubanduse Assotsiatsiooni ja Euroopa Majanduspiirkonna riigid 2018. aastal, kui 21 riigi esindajad allkirjastasid projekti „1+ Million Genomes“ aluseks oleva deklaratsiooni.

Algatuse eesmärk on luua haiguste ennetamise ja personaalsema ravi eesmärgil rahvusvaheline võrgustik riiklikele genoomiandmebaasidele turvaliseks ligipääsuks, et võimaldada kliinilise rakendusega teadusuuringuid. Samuti on oluline luua seos terviseandmetega, mis on uuringuteks vajalikud.

2022. aasta lõpuks peaks olema loodud turvaline ligipääs miljonile genoomi järjestusele. Eesmärgi täitmiseks on koostatud tegevuskava, mida koordineerib ja toetab Horizon 2020 projekt „Beyond 1 Million Genomes“. Algatuse „1+ Million Genomes“ on praeguseks allkirjastanud kokku 22 Euroopa Liidu riiki ning Suurbritannia ja Norra.

Virtuaalse visiidi korraldamise kogemus

Eesti virtuaalse visiidi programmi koostamise eest vastutas Tervise Arengu Instituut ning seda aitasid läbi viia Sotsiaalministeerium, Tartu Ülikool ning RITA kliiniliste juhtprojektide esindajad. Kui esialgu plaanisid projekti „1+ Million Genomes“ koordinaatorid riigiesindajate reaalset külastust Eestisse, siis koroonaviiruse tõttu tuli 2020. aasta esimeses pooles teha plaanides muudatus ja külastus otsustati korraldada virtuaalselt. Virtuaalse visiidi täpsed kuupäevad selgusid 2021. aasta alguses ja seejärel alustas Eesti meeskond kohe ka selle  planeerimisega.

Lisaks Eestile tehti ettepanek visiidi korraldamiseks ka Suurbritanniale ja Soomele.

Huvi Eesti visiidi vastu oli suur juba pärast kohtumise plaani tutvustamist projekti „1+ Million Genomes“ koordinaatoritele. Virtuaalse formaadi eelis tuli välja visiidi käigus, kui kuulajaid kogunes üle saja – märgatavalt rohkem kui Suurbritannia visiidil.

Projekti „1+ Million Genomes“ koordinaatoritelt kohe pärast visiiti saadud tagasisides tõsteti esile visiidi ettekannete praktiline olemus ja lai teemavalik, mis andis hea ülevaate Eesti personaalmeditsiini rakendamise plaanidest ja senistest tegevustest. Eesti tugevusena nimetati riikliku personaalmeditsiini rakendamise plaani selgust.

Esimese päeva programm keskendus üldisele personaalmeditsiini korraldusele

Esimesel päeval keskenduti Eesti riikliku personaalmeditsiini süsteemi kirjeldamisele. Päeva teises pooles esitlesid projekti „1+ Million Genomes“ teised liikmed riiklikke personaalmeditsiini rakendamise projekte.

Päeva avas Sotsiaalministeeriumi e-teenuste ja innovatsiooni asekantsler Kalle Killar, kes andis ülevaate väljakutsetest ja eesmärkidest Eesti tervishoius. Ühtne elektroonne isikutuvastussüsteem, x-teel põhinev tsentraalne andmevahetus ja genoomiandmete olemasolu ligi 20%-l täiskasvanud elanikkonnast toetavad personaalmeditsiini rakendamist Eestis.

Tervishoius on fookus ennetusel ja inimkesksete lahenduste loomisel (sh tsentraalse nõusoleku lahendusel, mis võimaldab inimesel kontrollida, kellele ja millistele andmetele isik soovib ligipääsu anda, ja ka uue patsiendiportaali arendamisel). Riigi eesmärgid on kirjeldatud rahvastiku tervise arengukavas 2020-2030, mida hakkavad toetama heaolu arengukava  2023-2030 ja Eesti digiühiskond arengukava 2030.

Pärast ettekandeid uuriti, milline on personaalmeditsiini sihtgrupp ja kuidas on tagatud turvalisus. Asekantsler rõhutas, et kõige alus on inimese enda tahteavaldus tervishoiuteenuse saamiseks või nõusolek enda andmete kasutamisega teadusuuringute tegemiseks. Kui esialgu on võimalik teenuseid osutada vaid geenidoonoritele, siis pikas perspektiivis soovime neid osutada kõikidele Eesti elanikele.

Personaalmeditsiini rakendamine Eestis

Ülevaate andis Tervise Arengu Instituudi direktor Annika Veimer, kes tutvustas projekti ajaplaani, peamisi tegevusi ning väljakutseid.

Selleks et ennetus, haiguste varane avastamine ja täpsem ravi saaksid pikendada tervelt elatud elu, tuleb luua vajalik IT-taristu ning koolitada tervishoiutöötajaid.

Käimasolev projekt „Personaalmeditsiini rakendamine Eestis“ aitab tuua kliinilisse praktikasse innovaatilisi teadus- ja arendustegevuse tulemusi. Personaalmeditsiin on inimkeskne meditsiin, mille puhul on muutuse saavutamiseks vaja inimeste valmidust seda muutust luua.

Ettekande järel uuriti, millal jõutakse esimeste rakendusteni ja millised on peamised kitsaskohad. Annika Veimer nimetas peamise proovikivina piisava kommunikatsiooni tagamist kõikide osaliste vahel. See on oluline selleks, et jõuda plaanipäraselt 2023. aastal esimeste kliiniliste rakendusteni.

Personaalmeditsiini rakendamiseks vajaliku IT infrastruktuur

Inftastruktuuri vajadust tutvustas prof Jaak Vilo. Ta juhtis tähelepanu, et personaalmeditsiini kliiniliste rakendusteni jõudmiseks alustati esimeste tegevustega juba 1996. aastal, mil prof Andres Metspalu algatusel ja visiooni alusel loodi geenivaramu. Seejärel on ellu viidud mitmed teadusprojektid ning paralleelselt arendatud ka tervishoiusüsteemi, nt digiretsepti, elektroonse terviseloo ja terviseregistrite, samuti X-tee ja digi-ID lahenduse arendamised, mis on personaalmeditsiini rakendamise oluliseks eelduseks. Personaalmeditsiini rakendamise projekt loob Eesti riiklikku süsteemi veel ühe uue lahenduse. Personaalmeditsiini rakendamiseks peavad polügeensete riskiskoorid (mis on mitmete geneetiliste variantide kaalutud summa) ja farmakogeneetiliste alleelide määramise lahendused vastama meditsiiniseadme nõutele, mis muudab projekti oluliselt keerulisemaks.

Ettekandejärgses arutelus uuriti teadusandmete kliinilise kasutamise ja selle kohta, kuidas on ette nähtud teadusavastuste rakendamine  projektis. Prof Jaak Vilo tunnistas probleemi, et genotüpiseerimise metoodikad ei ole kliiniliseks kasutuseks tootja poolt valideeritud ja ilmselt on vajalik lisavalideerimine.

Täpsemate tulemuste saamiseks täiendatakse genotüpiseerimise andmeid referentspaneeli järgi, mis on koostatud kogugenoomi järjestuste alusel. Kui referentspaneel täieneb näiteks lisanduvate uute kogugenoomi järjestuste tõttu, siis uuenevad ka polügeensete riskiskooride ja farmakogeneetiliste alleelide määramise aluseks olevad algandmed. Samuti uuendatakse riskide arvutamise algoritme ja ka otsustustugesid, millega andmeid arstile kuvatakse, et pakkuda õiget infot õigel ajal.

Geenivaramusse kogutud genoomiandmed

Geenivaramu genoomiandmetest andis ülevaate prof Andres Metspalu. Geenivaramu eesmärk on koguda vabatahtlikkuse alusel nii patsiendi proove kui ka andmeid (sh terviseandmeid) ning säilitada neid pikka aega teadusuuringute tegemiseks.

Praegu on geenivaramus ligikaudu 3000 kogugenoomi DNA järjestust, 2500 eksoomi järjestust ja 200 000 inimese genotüpiseerimise andmed, lisaks veel metaboloomika, IgG N-glükosüleerituse taseme mõõtmise andmed jpm.

Genoomiandmeid on kogutud laiaulatuslikult eri vanusest ja soost isikutelt, nii et need esindavad hästi  Eesti populatsiooni ja andmed on täiendatud mitmete tervise- ja muude registrite andmetega.

Pärast ettekannet tunti huvi, kuidas võiks selliseid andmeid kasutada tuleviku pandeemiate korral. Prof Andres Metspalu vastas, et kuigi praeguse pandeemia puhul oleme jäänud hiljaks, siis on tulevikus – kui analüüsida vastust nakkusele ja seoseid geneetikaga – võimalik luua nutikaid lahendusi vaktsineerimise planeerimiseks ja korraldamiseks.

Teiste riikide personaalmeditsiini projektid

Eesti visiidi osana tutvustasid riiklikke personaalmeditsiini projekte veel Ungari, Läti ja Hispaania esindajad.

Ungari keskendub personaalmeditsiini arendamisele harvikhaiguste korral ja praeguseks on seal sekveneeritud 3500 genoomi.

Ka Lätis on sekveneeritud  3500 genoomi. Personaalmeditsiini arendamisel on tähelepanu lasteonkoloogia arendamisel ja selliseid proove on kõikidest sekventsidest  praeguseks sadakond.

Hispaanias on loodud IMPACT programm, mis ühendab erinevaid keskuseid ning mille eesmärk on koguda 200 000 proovi ja sekveneerida neist 5000.

Visiidi teisel päeval arutleti rakenduste loomise üle

Teisel päeval tutvustati Eesti seniseid tegevusi personaalmeditsiini arendamisel ja rakendamise praktilisemaid külgi. Teise päeva pärastlõunal arutati vestlusringis inimeste kaasamise, tulemuste väljastamise ning tulemustest teavitamise teemal.

Rinnavähi varase avastamise kliiniline juhtprojekt

Tartu Ülikooli kliinikumi onkoloog dr Hannes Jürgens tutvustas rinnavähi varajase avastamise RITA kliinilise juhtprojekti tulemusi, mille järgi oleks soovitatav alustada rinnavähi sõeluuringut kümme aastat varem (40-aastaselt). Kui inimene täidab patsiendiportaalis küsimustiku perekondliku tausta jm vajaliku info kohta, saab talle vajaduse korral teha geneetilise testi. Selle tulemuse alusel on võimalik saata naised olenevalt riski tasemest kas eriarsti või perearsti vastuvõtule või kui risk on väike näidata tulemusi ja anda soovitusi digitaalselt. Niisuguse lahenduse rakendamisel oleks võimalik vähendada rinnavähi suremust poole võrra.

Hilisemas arutelus küsiti, miks valiti vanusepiiriks just 40 aastat. Dr Hannes Jürgens märkis, et perekondliku soodumuse korral soovitatakse monogeenseid markereid määrata tegelikult juba 30. eluaastast ja see on ka kulutõhus, kuid piiratud aja tõttu ei jõudnud ta seda ettekandes nimetada.

Südame-veresoonkonnahaiguste (SVH) ennetamise RITA kliiniline juhtprojekt

Projektist andis ülevaate Põhja-Eesti Regionaalhaigla kardioloog ja Tallinna Tehnikaülikooli professor dr Margus Viigimaa. Kliinilise juhtprojekti käigus hinnati PRS-i rakendatavust SVH ennetamiseks ja varajaseks avastamiseks. See on küll tavapärase käsitlusega võrreldes peaaegu 14% kulukam, kuid võib siiski olla kliiniliselt tulemuslikum ja võimestada perearste keskmise riskiga patsientidega tegelema ja suurema riskiga patsiente saata täpsemateks uuringuteks kardioloogi juurde.

Arutelus uuriti riskide hindamise kombineerimise ja holistilisema lähenemise kohta tervishoius, et hinnata korraga mitmeid terviseriske, mis võimaldaksid seejärel ka  holistilisemat ravi. Prof Margus Viigimaa vastas, et Eestis on arendamisel lahendused, mis kaasavad geneetilise komponendi ka jämesoole ja eesnäärmevähi sõeluuringutesse, samuti loodetakse häid tulemusi verest vähirakkude määramisel.

Farmakogeneetika lahendus

Tartu Ülikooli professor Lili Milani kirjeldas farmakogeneetika lahendust ja selle rakendamise eeliseid. Farmakogeneetilised soovitused arsti töölaual võimaldavad valida sobivaima toimeaine ja doosi, vähendades kõrvaltoimeid ja mürgistusi, aga ka kulusid, mis tekivad sobimatute või vales doosis määratud ravimite kasutamisest. Rakenduse loomisel vajavad lahendamist mitmed probleemid, nagu farmakogeneetilise uuringu kestus, mis kulub arstile tulemuse kuvamiseks, IT-taristu küsimused ja ka soovituste sõnastused.

Tagasiside patsientidele

Prof Neeme Tõnisson tutvustas geneetiku ja arsti vaatest, kuidas anda patsientidele geneetiliste riskide kohta tagasisidet personaalmeditsiini teenuste osutamisel. Geenivaramu andmete alusel korraldati teadusuuring, kuidas selgitada  BRCA1/2 (Breast Cancer ½) mutatsioonide määramise tulemusi patsientidele. Uuringu tulemused näitavad, et geneetiliste riskidest teadasaamine võiks olla kasulik ja et pigem tundsid inimesed ennast tulemuste teadasaamisel rahulikult ning ärevust ja muretsemist esines pigem vähe. Oluline on tagada hästi planeeritud ja läbimõeldud riskitulemuste teavitus.

Arutelu osas küsiti, kas vähiriski paremaks hindamiseks on plaanis kombineerida PRS-i ja monogeenseid markereid. Prof Neeme Tõnisson kinnitas, et sellised on Eesti plaanid, kuid kõik detailid ei ole veel kokku lepitud.

Geneetilised konsultatsioonid

Ülevaate andis geenivaramu geneetiline konsultant Liis Leitsalu. Geenidoonoritele on tagasisidet antud mitmete teadusprojektide käigus. Üldjuhul ei ole neil pärast tulemustest teadasaamist ärevust või muret esinenud. Parimaid tulemusi on andnud silmast silma nõustamine, mis on aga personaalmeditsiini rakendamise puhul olulisim kitsaskoht. Selle lahendamiseks võiks väikesest riskist teavitada digitaalsete kanalite kaudu, kuid kui risk on suur ja see puudutab ka perekonda, tuleb tagada piisav nõustamine. Samuti võib olla kasu sõeluuringu kaskaadidest, mille puhul saadetakse suure geneetilise riskiga patsientide pereliikmed geneetilisele testimisele jm.

Personaalmeditsiini laiem ellurakendamine

Viimase ettekande tegi Sotsiaalministeeriumi nõunik vandeadvokaat Silja Elunurm, kes kirjeldas, kuidas personaalmeditsiini laiemalt ellu rakendada. Geenivaramu edu aluseks on inimeste usaldus ja seda ei tohi murda. Usalduse saavutamiseks tuleb luua IT-taristu, mis jälgib küberturvalisuse, inimeste privaatsuse ja läbipaistvuse põhimõtteid. Tuleb tagada avaliku, erasektori ja ka teadusasutuste huvide kaitse ning samuti kulutõhusus.

Vestlusring

Visiidi lõpu vestlusringis osalesid kõik teisel päeval ettekande teinud lektorid ning lisaks ka prof Jaak Vilo ja prof Andres Metspalu. Kui rahvusvaheliselt räägitakse rohkem kogugenoomi ja eksoomi järjestamisest, siis PRS-ide rakendamisel on oma kindel eelis, mis on seotud genotüpiseerimise info soodsama hinnaga. Tuleb aga jälgida, et uuringutulemused ei oleks eksitavad ja mida täpselt on võimalik uuringu tulemustest järeldada. Näiteks toodi üks juhtum Hollandist, kus naisele väljastati PRS-i alusel väikese riski tulemus, kuigi tal esines BRCA1 mutatsioon.

Kokkuvõtlikult märgiti, et lisaks geneetilise uuringu õigsusele ja täpsusele on oluline anda inimestele teavet tervikliku teenuse kohta. On vaja selgitada, mis juhtub patsiendiga edaspidi, milliseid lisa- või kinnitavaid uuringuid või muid protseduure on vaja teha ja millal.

„1+Million Genomes“ projekti raames toimus viimane riigi visiit 16. ja 17. juunil Soomes. Selle visiidi fookus oli suunatud sellele, millised küsimused vajavad lahendamist seadusandluses, et personaalmeditsiini rakendada. Seega anti läbi kolme visiidi ülevaade, kuidas teadusavastustest saavad kliinilised rakendused ning kuidas need tuua kliinilisse praktikasse.

Helen Lepa, TAI personaalmeditsiini nõunik